Fagområde
Biokemi.
Forskningsprojekt
Hvordan genkendes ufoldede proteiner?
Populær beskrivelse af ph.d.-projekt
Proteiner er kroppens nanoteknologiske maskiner og udfører et utal af funktioner i alle levende organismer. Ligesom de maskiner, som vi kender fra vores dagligdag, er proteiners funktion afhængig af, at forskellige dele af proteinet er samlet rigtigt i en kompliceret struktur. Den proces, hvor ’maskinen bliver samlet’ kaldes protein-foldning, og er for mange proteiner spontan og lynhurtig. Jeg arbejder med en nyopdaget type af proteiner, som er ufoldede, men stadig funktionelle; svarende til en funktionel maskine, hvor de forskellige komponenter flyder rundt imellem hinanden i et stort virvar. Når proteinet så møder et andet protein, så folder det op til en veldefineret struktur, og det er den proces, som jeg prøver at forstå. Eksperimentelt griber jeg det an ved at studere, hvilke forstadier til strukturelementer, der er i proteinet i den frie tilstand, og ved at studere hastigheden hvormed proteinet binder til sine partnere. Forhåbentligt vil det give os informationer om, hvordan foldningsprocessen forløber.
Hvilke perspektiver ser du for dit forskningsfelt?
Den ultimative nanoteknologiske våde drøm er at kunne designe proteiner med en veldefineret struktur og funktion. For at dette kan opnås, er det nødvendigt at forstå, hvordan processen, hvor proteinets struktur dannes, foregår. Hvis det lykkes at forstå proteinfoldnings-processen til et punkt, hvor man rationelt kan designe proteiner med en specifik struktur og funktion, vil det åbne op for et overflødighedshorn af anvendelsesmuligheder, blandt andet inden for udviklingen af ny medicin. Det skal dog siges, at folk har arbejdet på problemet i 50 år, og der er stadig langt igen.
Hvad skal dit rejsestipendium bruges til?
Rejsestipendiet skal bruges til et forskningsophold på The Scripps Research Institute i Californien og forhåbentligt også til deltagelse i en eller flere internationale konferencer.
Hvorfor har du valgt at rejse til netop det forskningsmiljø?
Den gruppe, jeg skal besøge, er verdens førende eksperter indenfor det protein, jeg arbejder med, og det overordnede tema som er bindingsinduceret foldning.
Hvor længe skal du være væk?
Ca. et halvt år.
Hvad forventer du at få ud af opholdet?
For det første forventer jeg at kunne udføre nogle forsøg, som jeg ikke kunne lave herhjemme og dermed at få nogle gode data med hjem. Derudover regner jeg med at kunne få mulighed for at drøfte mit projekt med nogle af de førende folk indenfor feltet og dermed få ny inspiration.
Hvordan opstod din interesse for netop dette forskningsfelt?
Protein-foldning er et spændende område, fordi det handler om selvorganiserende molekylære systemer. Det er noget, der ligger fjernt fra vores daglige erfaringer, da det konceptuelt svarer til LEGO-modeller, der samler sig selv. Ufoldede proteiner er en interessant variation af proteinfoldningsproblemet, fordi de bryder med paradigmet om, at proteiner skal være foldede for at være funktionelle.
Lidt om mennesket bag forskeren.
Jeg er 26 år og bor på Østerbro sammen med min kone Sara. Det er planen at Sara skal med på forskningsopholdet og skal lave et forskningsprojekt på USCD School of Medicine som en del af sit medicinstudium. I min fritid er jeg blandt andet dykkerinstruktør i Sportsdykkerklubben Aquarius og går til fridykning og dans. Udover det så kan jeg godt lide at fotografere både over og under vandet.
Fødested, gymnasium og bopælskommune
Født i Trige, Århus Kommune, student fra Aarhus Katedralskole og bopæl i Københavns Kommune.
Ph.d.-projektets titel
“The mechanism of folding-upon-binding of an intrinsically unstructured protein.”
Kontaktoplysninger
Magnus Kjærgaard. Telefon: 3532 2081, 2897 0319 (mobil), e-mail: mak@bio.ku.dk
Forskningsinstitution
Københavns Universitet, Biologisk Institut