Fagområde
Molekylærbiologi
Forskningsprojekt
Undersøgelse af de molekylære mekanismer bag det medfødte immunforsvar med udgangspunkt i de såkaldte modelorganismer: planten gåsemad (Arabidopsis) og rundormen C. elegans.
Populær beskrivelse af ph.d.-projekt
Alle arter inden for planter og dyr har et medfødt immunforsvar, som genkender ’fremmed’ fra ’selv’. Når planter kommer i kontakt med mikroorganismer, de genkender, reagerer de ved at opregulere en række forsvarsgener og ved stærk specifik genkendelse, kan de begå programmeret celledød i det område, der er blevet inficeret, for på den måde at begrænse en infektion. Jeg har primært arbejdet med at undersøge mekanismer bag regulering af gener i forbindelse med en immunforsvarsreaktion og har senest været involveret i arbejdet med et protein, LAZ2, der påvirker plantens kromatinstruktur. Kromatin er DNA organiseret med proteiner i cellekernen, og kromatinstrukturen kan være afgørende for, hvilke gener der bliver aktiveret. Hvis LAZ2 ikke fungerer, betyder det, at en undergruppe af gener ophobes helt anderledes end under normale omstændigheder, og gener i denne LAZ2 kontrollerede undergruppe har vist sig, i visse immunresponser, at være nødvendige for, at planten kan begå programmeret celledød. Jeg undersøger derudover, om nogle af de proteiner, vi har set være vigtige for immunforsvarsreaktioner i planter, også indgår i forsvaret i rundorme.
Hvilke perspektiver ser du for dit forskningsfelt?
Det går rigtig stærkt med at udvide forståelsen af plante-mikrobe interaktioner og forskningsinstitutioner er begyndt at prøve at bruge den molekylære viden, vi har nu, i afgrøder, dvs. det er viden, der på lang sigt kan påvirke menneskets udnyttelse af naturen i en positiv retning.
Derudover viser Arabidopsis sig til stadighed som en vigtig modelorganisme i undersøgelsen af en lang række biologiske fænomener, der er bevaret på tværs af organismer, deriblandt studier i kromatinstruktur (epigenetik) og dennes påvirkning af for eksempel genregulering, hvor forskning i Arabidopsis i høj grad har bidraget til vores samlede viden. I relation til studier i det medfødte immunforsvar har undersøgelser i planter ledt til noget forskning i immunforsvaret i mennesker, da samme type proteiner som fungerer i planter, såkaldte resistens-gener, også eksisterer i mennesker. De udfører vigtige funktioner, og fejl kan lede til sygdomme som blandt andet Crohns sygdom, en autoimmun tarmsygdom.
Hvad skal dit rejsestipendium bruges til?
Jeg skal blandt andet besøge Cold Spring Harbor Laboratories, der er en forskningsinstitution, som har specialiceret sig i kræft, neurovidenskab, og planteforskning.
Hvorfor har du valgt at rejse til netop det forskningsmiljø?
Den gruppe, jeg skal besøge, er nogle af verdens førende forskere i epigenetiske modifikationer af DNA. De arbejder med modelorganismerne Arabidopsis og gær og har derfor både ekspertisen og udstyret, jeg har brug for, til vores videre undersøgelser af planters immunforsvar.
Hvor længe skal du være væk?
Cirka et halvt år.
Hvad forventer du at få ud af opholdet?
Jeg forventer at lære nye teknikker fra eksperter inden for området, og jeg forventer at kunne diskutere videnskabelige resultater med nogen med en baggrund, der i høj grad vil kunne bidrage til min forståelse af feltet.
Hvordan opstod din interesse for netop dette forskningsfelt?
Der er stadig meget, man ikke ved om planters immunforsvar. Det tiltalte mig, at man kunne studere disse mekanismer med henblik på at bidrage med nødvendig viden. Det er essentielt, hvis vi på lang sigt skal kunne lave planter, der i højere grad kan klare sig selv i kampen mod bakterier og svampe uden sprøjtning. Men også det rent grundforskningsmæssige synes jeg er enormt interessant - altså det at identificere og prøve at forstå mekanismen bag vigtige komponenter i planters immunforsvar. Generelt synes jeg, det er sjovt at arbejde med ’modelorganismer’, dvs. relativt simple og velstuderede arter, som er realistiske at bruge i et laboratorium, og som kan bruges til bedre at forstå biologien i mere komplekse organismer som for eksempel mennesker. Derudover blev jeg tiltrukket af emnet pga. den specifikke forskningsgruppe, jeg arbejder i, som er meget aktiv, publicerer en masse og samtidig har det sjovt.
Lidt om mennesket bag forskeren
Min kæreste er også ph.d.-studerende og skal også på udenlandsophold til USA, desværre ikke i samme område, men vi prøver at koordinere, så vi er væk samtidig.
Fødested, gymnasium og bopælskommune
Født på Frederiksberg, student fra Zahles Gymnasium og bopæl i Københavns Kommune.
Ph.d.-projektets titel
Innate immunity in Arabidopsis thaliana and Caenorhabditis elegans.
Kontaktoplysninger
Berthe Katrine Fiil. Telefon: 3532 2135, 2360 3078 (mobil), e-mail: bkf@bio.ku.dk
Forskningsinstitution
Københavns Universitet, Biologisk Institut