Martin V. Bennetzen

Ph.d.-studerende, B.Sc. i Biofysik, 27 år

Martin V. Bennetzen

Fagområde

Proteomics, proteinmodifikationer og cellulært stress

Forskningsprojekt

Undersøgelse af proteinaktivitetsmodulering i celler udsat for DNA-skadeligt og stoftskifte-relateret stress.

Populær beskrivelse af ph.d.-projekt

Den analytiske teknik massespektrometri har gjort det muligt at analysere tusinder af proteiner og modifikationer heraf. Proteiner er cellers ”molekylære arbejdere”, der udfører hovedparten af cellens opgaver. Sygdomme som for eksempel kræft opstår, når proteiner i cellen ikke fungerer korrekt – derfor er det vigtigt at forstå proteiners funktion, og hvorledes disse reguleres. Massespektrometri er en uvurderlig og uundværlig effektiv teknik til netop dette. Jeg undersøger i mit ph.d.-projekt, hvorledes proteiner reguleres, når celler udsættes for forskellige stress-stimuli, idet jeg fokuserer på DNA-skadeligt (genotoksisk) og stofskifte (metabolisk) stress. Ved enten at bestråle celler med røntgen-stråling, der i fatale tilfælde kan føre til udvikling af kræft, eller ved at sulte celler for for eksempel sukker, undersøger jeg, hvorledes cellen responderer i disse stress-situationer. I situationer, hvor en celle sultes, har det vist sig, at cellen kan begynde at nedbryde sit eget indhold for på den måde at anskaffe vitale byggestene gennem ”genbrug” af nedbrydningsprodukterne. Denne proces kaldes autofagi og har vist sig at være aktiv i mange kræftformer. Jeg vil i mit ph.d.-projekt kortlægge molekylære detaljer i denne proces, og hvorledes denne reguleres.

Hvilke perspektiver ser du for dit forskningsfelt?

En øget forståelse af cellulære stressresponser (for eksempel ved røntgenstråling) kan være med til at klargøre, for det første hvilke molekylære mekanismer, der er essentielle for, at celler kan respondere overfor det pågældende stress, og for det andet hvilke mekanismer der er med til at bestemme, hvorvidt cellen overlever gennem en adaption til denne stress eller dør. Proteinmodifikationer, der er impliceret i stressrespons, kan potentielt også bruges som stressmarkører. Autofagi i forbindelse med metabolisk stress har desuden vist sig at være impliceret i udvikling og opretholdelse af cancer – og er måske lige frem nogle cancercellers Achilleshæl, der kan anvendes i forsøg på selektivt at dræbe cancerceller. En øget forståelse af regulering af autofagi kan således også være med til at udforske dette attraktive terapeutiske potentiale.

Hvad skal dit rejsestipendium bruges til?

Forskningsophold på Max Planck Institute of Biochemistry i Tyskland (nær München).

Hvorfor har du valgt at rejse til netop det forskningsmiljø?

Gruppen Proteomics and Signal Transduction ved Max Planck Institute of Biochemistry er verdens uden sammenligning stærkeste forskergruppe inden for massespektrometri-baseret proteomics. Gruppen har blandt andet lavet programmet MaxQuant, der har revolutioneret og fortsat vil sætte nye standarder for computationel proteomics. Jeg har således muligheden for at være i et miljø, der på væsentlige punkter definerer udviklingen inden for proteomics.

Hvor længe skal du være væk?

To-tre måneder.

Hvad forventer du at få ud af opholdet?

Jeg ønsker at dygtiggøre mig inden for computationel proteomics, herunder at få et indgående kendskab til MaxQuant, de grundlæggende algoritmer samt de mange features, som programmet har i form af programmoduler. Jeg vil derudover bruge tid på at øge min viden omkring bioinformatiske værktøjer og programmer til den videre data-mining. Jeg vil således lave forsøg og dataanalyse i den forskningsgruppe, der inden for massespektrometri-baseret proteomics år efter år sætter standarden inden for dette felt.

Hvordan opstod din interesse for netop dette forskningsfelt?

Jeg har gennem hele min studietid været interesseret i cancer og de mekanismer, der adskiller den raske celle fra cancerceller. Herunder er det vigtigt at forstå fundamentale processer i celler, der udsættes for stress (for eksempel DNA-skadeligt og metabolisk stress), der er med til at forårsage omdannelsen af en rask celle til en cancercelle. Min interesse for massespektrometri opstod senere i mit uddannelsesforløb, hvor jeg blev fascineret af styrken af og potentialet i denne analytiske teknik til brug i high-throughput proteinanalyse.

Lidt om mennesket bag forskeren

Inden jeg i 2004 begyndte at studere biofysik, spillede jeg full-time i det dansk-svenske rockband lampshade, hvis medlemmer nu delvist er engageret i popbandet Asinrebekkamaria. Jeg stoppede med musikken for at hellige min tid de videnskabelige studier, der lige siden har kredset omkring forskellige aspekter af cancerforskning – delvist som følge af min mors tidlige død af kræft. Jeg har således en stærk personlig motivation for at arbejde med dette område af videnskaben.

Jeg blev i 2006 gift med min dejlige kone og er i 2009 blevet far til en vidunderlig lille pige. Begge mine piger skal selvfølgeligt med på mit forskningsophold i udlandet!

Udover videnskabelige studier og min kære familie går min herefter sparsomme fritid med at dygtiggøre mig i disciplinerne ledelse og innovation. Jeg anser det for vigtigt, at – endnu flere – videnskabsfolk fokuserer på og har en viden om, hvorledes videnskabelige resultater kan anvendes praktisk til gavn for samfundet, og hvorledes disse kan kommercialiseres. Derudover mener jeg, at gode ledelses-evner er vigtige for videnskabsfolk, uanset om man sidder som leder af en forskningsgruppe på et universitet eller i en virksomhed i det private erhvervsliv.

Fødested, gymnasium og bopælskommune

Født i Odense, student fra Odense Katedralskole og bopæl i Odense Kommune.

Ph.d.-projektets titel

Proteomic approaches to protein activity modulation in response to nutritional and genotoxic stress.

Kontaktoplysninger

Martin V. Bennetzen. Telefon: 2726 8829 (mobil), e-mail: bennetzen@bmb.sdu.dk

Forskningsinstitution

Syddansk Universitet, Institut for Biokemi og Molekylær biologi, Center for Eksperimentel BioInformatik.

Senest opdateret 02. februar 2015