Thomas Yssing Michaelsen

Ph.d.-studerende, MSc

Populærvidenskabelig titel på dansk på dit projekt

På opdagelse i mikrobielt ’dark matter’ – analyse af fødekæder i mikrobielle samfund gennem DNA- og RNA-sekventering

Hvad handler dit ph.d.-projekt om? Thomas Yssing Michaelsen

Vi kender kun ganske få procent af alle mikroorganismer og ved endnu mindre om, hvordan de enkelte bakterier bidrager til det samlede økosystem, og samspillet imellem dem under naturlige forhold. Vores manglende viden om det mikrobielle ’dark matter’ skyldes i høj grad, at bakterier er svære at studere under kunstige forhold i laboratoriet. Det vil vi lave om på i mit ph.d.-projekt ved at udvikle nye metoder til hurtig måling af aktiviteten af samtlige bakterier simultant i et arbitrært mikrobielt samfund ved hjælp af molekylærbiologisk data. Metoderne vil kunne rekonstruere fødekæderne, der binder bakterierne sammen, og identificere de nøglearter, som er vigtige for, at samfundet fungerer optimalt – og ultimativt gøre mikrobielt dark matter lidt mindre mørkt.

Hvordan opstod din interesse for dit forskningsfelt? Og hvad motiverer dig?

I løbet af min bachelor i biologi blev jeg dybt interesseret i at arbejde med data og forståelsen af de teoretiske overvejelser, der ligger til grund for god praksis med dataanalyse. Jeg blev også introduceret for mikrobiologien, en mikroskopisk parallelverden med enorm diversitet og forunderlighed – mikroorganismer laver bioplast, renser vores spildevand og sørger for det globale nitrogenkredsløb. Mit nuværende felt tillader mig at kombinere det bedste fra begge verdener.

Hvad er de forskningsmæssige udfordringer og perspektiver ved dit projekt?

Aktivitetsmålinger af bakterier har hidtil kun været muligt i renkulturer, hvilket udelukker langt størsteparten af alle mikroorganismer i naturen. Vi vil foretage målingerne under naturlige forhold, hvilket betyder, at data er komplekst og indeholder meget støj. Det er derfor en udfordring at udvikle metodologier, der kan håndtere dette, samt foretage den efterfølgende biologiske fortolkning og verificering. Projektets potentiale er stort – mere viden om disse ukendte bakterier kan bidrage til alt fra nye antibiotika og bedre spildevandsrensning til fundamental viden om evolution og livets opståen.

Hvad betyder et EliteForsk-rejsestipendium for dine fremtidige muligheder?

For mig er stipendiet først og fremmest en åben anderkendelse af potentiale, som jeg er dybt taknemmelig for. Jeg får bedre mulighed for at besøge førende forskere indenfor bioinformatik og mikrobiologi og tage ved lære af deres arbejdsgang og viden. Første besøg er hos professor Nicola Segata i Trento, Italien, som trods sin unge alder allerede er internationalt etableret indenfor human mikrobiom-forskning og computational genomics. Hans viden indenfor statistik og analyse af molekylære data skal skabe et solidt analytisk fundament for mit ph.d.-projekt. 

Lidt om mennesket bag forskeren?

Stolt vendelbo, født og opvokset i en lille by på landet. Bor i Aalborg med min forlovede Julie, som er gravid med vores søn, og nyder livet med familie og venner. Jeg er dybt fascineret af vand, som fylder meget af min fritid, hvor jeg fridykker og spiller undervandsrugby – til tider også undervandsjagt og lystfiskeri. Læser i ny og næ en bog om universet, religion eller globalsamfundet og ynder at udfordre mig selv og andre på disse emner med en god diskussion.

Fagområde

Bioinformatik og mikrobiologi

Forskningsinstitution

Center for Mikrobielle Samfund, Institut for Kemi og Biovidenskab, Aalborg Universitet.

Gymnasium/bopælskommune

HTX Frederikshavn. Opvokset i Jerslev/bor i Aalborg.

Kontaktoplysninger

fiske_freaken@live.dk / tym@bio.aau.dk

Senest opdateret 27. februar 2019