Analyseprogrammet udføres i et tværministerielt udvalg med deltagelse fra Finansministeriet, Økonomi- og Indenrigsministeriet, Erhvervsministeriet, Skatteministeriet og Uddannelses- og Forskningsministeriet. Det tværministerielle udvalg sekretariatsbetjenes af en arbejdsgruppe med repræsentation fra de deltagende ministerier. Uddannelses- og Forskningsministeriet er formand for udvalget og leder af arbejdsgruppen.
Arbejdsgruppen bistås af en ekspertgruppe som udpeges af det tværministerielle udvalg. Ekspertgruppen vil bidrage med teoretisk og praktisk indsigt i den nyeste videom om eksempelvis mikro- og makroøkonomiske effekter af offentligt forskning og udvikling.