I forbindelse med medlemmernes indsats i forskningsrådssystemet er der etableret et godtgørelsessystem. Godtgørelsen skal ikke ses som en fuld godtgørelse af de enkelte medlemmers indsats og den tid, der bruges på arbejdet, men der er forsøgt at anlægge et rimeligt skøn i forhold til den indsats, der gøres i de enkelte organer.
For medlemmer der ikke er statsansatte, bliver godtgørelsen udbetalt månedlig direkte til medlemmets NemKonto. For statsansatte medlemmer bliver der, efter valg af godtgørelsesmodel, overført til enten arbejdsgiver to gange årligt - ultimo maj og november, eller direkte som månedlig udbetaling til rådsmedlemmets NemKonto. Godtgørelsen justeres med pris- og lønudviklingen.
De til enhver tid gældende honoreringsniveauer fremgår af ufm.dk.