I de seneste år har Chunaram Choudhary stået bag epokegørende opdagelser af måder, hvorpå vores proteiner på præcis vis acetyleres, hvilket er et vigtigt element i styringsmekanismerne i vores celler. Han har således gennemført systembaserede analyser af acetylerings- og ubiquitylationsdynamik, og har udviklet nye proteomik-baserede metoder. Det har gjort det muligt at beskrive en hidtil ukendt kemisk mekanisme for acetylering af lysin-sidekæder på proteiner meget præcist. I denne sammenhæng har han identificeret den cellulære lokalisering, hvor acetyleringssignalerne gennemføres, og han har identificeret en række nye signaleringsregulatorer, der blandt andet er involveret i at stabilisere vores gener. Chunaram Choudhary er en førende forsker inden for proteomik og dens anvendelse til opnåelse af epokegørende viden omkring signalveje i cellerne.
Chunaram Choudhary publicerer i de absolut bedste videnskabelige tidsskrifter, og hans arbejde er citeret mere end 10.000 gange. Han er blevet tildelt adskillige priser for sin forskning, og han har modtaget en række prestigefyldte bevillinger, blandt andet en Sapere Aude bevilling fra DFF, EMBO Young Investigator grant, et Hallas-Møller Stipendium fra Novo Nordisk fonden og et ERC-Consolidator grant. Han er hyppigt inviteret som foredragsholder ved internationale konferencer og udenlandske universiteter.
Chunaram Choudhary opnåede ph.d.-graden fra Universität Münster i 2006, og han var derefter postdoc i tre år ved Max Planck Institute for Biochemistry, Martinsried. Herefter flyttede han til Københavns Universitet, hvor han siden 2013 har været professor og gruppeleder ved Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research, Det Sundhedsvidenskabelige Fakultet.