Hans forskning startede med at kortlægge de strukturelle ændringer, der sker under trykpåvirkninger af uordnede materialer. Forståelsen blev startskuddet til hans udvikling af glasmaterialer med rekordhøj brudsikkerhed og selvhelende egenskaber, hvor han har udviklet teknikker, der har fundet anvendelse i industrien. Morten Mattrup Smedskjær har etableret én af verdens førende forskningsgrupper inden for analyse af struktur og mekaniske egenskaber af uordnede materialer.
Morten Mattrup Smedskjær er især anerkendt for sin forskning i design af glasmaterialer med rekordhøj mekanisk styrke og brudsikkerhed, herunder selvhelende glas. Han har udviklet nye typer af glas med organiske komponenter, der kan anvendes som faststofelektrolyt i batterier. Siden 2020 har Mortens Mattrup Smedskjær forsket i en ny familie af uordnede materialer, der har ført ham i retning af at undersøge nye muligheder for målrettet og optimeret levering af lægemidler.
Morten Mattrup Smedskjær har publiceret mere end 200 artikler og har fem udstedte patenter. Hans artikler citeres hyppigt, og han inviteres ligeledes ofte til at holde foredrag ved internationale konferencer. Han er én af fire redaktører for ‘Journal of Non-Crystalline Solids’, som er det førende tidsskrift inden for hans fagfelt. Morten Mattrup Smedskjær er blevet hædret med Grundfosprisen samt flere internationale priser for sit arbejde med glasmaterialer. Hans forskning er støttet af både danske og internationale fonde, herunder Danmarks Frie Forskningsfond, Villum Fonden og European Research Council.
Morten Mattrup Smedskjær er 40 år. Han fik sin kandidat- og ph.d.-grad fra Aalborg Universitet. Hans ph.d.-afhandling blev i 2011 hædret med priser fra både Danmarks Naturvidenskabelige Akademi og Spar Nord Fonden. Efterfølgende har han arbejdet som forsker ved Corning i USA, som er verdens førende glasproducent, hvor han udviklede en model for den lokale struktur af bor-atomer i glas. Dette arbejde blev patenteret og var en stor del af grundlaget for ‘Gorilla Glas 3’, som er anvendt på over 500 millioner enheder, f.eks. til smartphones. Med en Sapere Aude-bevilling fra Danmarks Frie Forskningsfond i bagagen vendte Morten Mattrup Smedskjær i 2012 tilbage til Aalborg Universitet som lektor. I 2020 blev han udnævnt til professor. Morten Mattrup Smedskjær er en inspirerende forskningsleder, der har været vejleder og rollemodel for 35 ph.d.-studerende og postdocs. Han har været kåret som årets underviser på sit institut, og hans ph.d.-studerende har vundet flere priser. Endelig er han sektionsleder på instituttet, organisator af videnskabelige konferencer og bedømmer for en række internationale tidsskrifter.