Departementet har det overordnede ansvar for ministeriets policyudvikling, minister- og ledelsesbetjening og lovforberedende arbejde på ministeriets område. Departementet har endvidere det overordnede ansvar for ministeriets bevillingslove og opfølgning på udgifter samt ministeriets strategiske uddannelses- og forskningspolitiske analyser. Derudover har departementet ansvar for koncernens HR og forretningsudvikling.
Departementet bistår ministeren i sit daglige virke og har ansvaret for at udarbejde sager til ministeren og regeringen med faglige bidrag fra Uddannelses- og Forskningsstyrelsen. Departementet følger den politiske udvikling og gennemfører analyser samt deltager i det internationale politiske samarbejde om uddannelse, forskning og innovation.
Departementet samarbejder med styrelsen for en effektiv og korrekt opgaveløsning i overensstemmelse med ministerens og regeringens ønsker om en effektiv administration og forvaltning af ministeriets ressourcer.