Undtaget fra den generelle bemyndigelse er løn til rektorer og institutledere. De nærmere retningslinjer for lønnen fremgår af nedenstående breve.
Derudover skal aflønning af prorektorer, dekaner, universitetsdirektører drøftes med ministeriet forud for ansættelsen. Drøftelsen skal også finde sted, hvis aflønningen ændres efter ansættelsen.