Mads Meier Jæger har særlig fokus på familiers læringsmiljøer og kulturelle ressourcer, f.eks. læringsaktiviteter, opdragelsesstile og ”knowhow”. Her har han, sammen med medforfattere, været med til at afklare og præcisere helt centrale sociologiske begreber som kulturel kapital og kulturel reproduktion både teoretisk og empirisk, bl.a. med henblik på at forstå hvilke faktorer, der påvirker uddannelsesvalg og uddannelsesmobilitet. Han har bidraget teoretisk, metodisk og empirisk til den absolutte forskningsfront i social mobilitet og intergenerationel transmission af adfærd, og han er en internationalt førende forsker inden for sit felt.
En stor del af Mads Meier Jægers forskning har samtidig direkte anvendelse: Han har bl.a. været med til at designe et lodtrækningsforsøg, der skulle teste om skolelæreres kompetencer inden for klasseledelse fremmede børns læring og trivsel, han har været med til at designe smartphoneapps, der blev brugt til at kortlægge læringsmiljøer i danske familier, og han har bidraget til indsamling af samfundsvidenskabelige data, især i sin egenskab af leder af Ungdomsforløbsundersøgelsen, enkohorteundersøgelse med ca. 3.000 danskere, som er fulgt siden 1968.
Mads Meier Jæger er en yderst produktiv forsker, som på kort tid har publiceret mere end 35 artikler, herunder flere i sociologiens absolutte toptidsskrifter som American Sociological Review, American Journal of Sociology og Social Forces. Han er internationalt orienteret og har samarbejdet med førende amerikanske og europæiske forskere fra bl.a. Yale University og University of Oxford. Mange af hans videnskabelige publikationer er tværvidenskabelige og kombinerer på innovativ vis sociologisk teori og økonometriske metoder. Han har, enten som hoved- eller medansøger, modtaget en række bevillinger, herunder et European Research Council Starting Grant, bevillinger fra Danmarks Frie Forskningsfond, det Strategiske Forskningsråd og NORFACE, samt flere bevillinger fra private fonde (Velux Fonden og Den A.P. Møllerske Støttefond).
Mads Meier Jæger er 43 år og ph.d. i sociologi fra Københavns Universitet i 2007. Han modtog i 2008 Det Frie Forskningsråds Ung Eliteforskerpris. Han blev udnævnt til professor (mso) på Aarhus Universitet i 2009, og han har været ansat på SFI (nu VIVE), inden han i 2016 blev udnævnt til professor i sociologi ved Københavns Universitet.