DFIR baserer sin rådgivning, analyser og rapporter på følgende arbejdsprincipper:
1) Grundighed
DFIR skal yde uafhængig og sagkyndig rådgivning om forskning, teknologiudvikling og innovation på overordnet niveau. Rådgivningen skal være baseret på dokumentation, undersøgelser, analyser eller evalueringer. DFIR inddrager eksisterende analyser, statistik og data sammen med de analyser, som DFIR har mulighed for selv at få udført. Rådet kan også anvende medlemmernes egen indsigt og erfaringer i analyser og vurderinger, der ligger til grund for rådets udtalelser og rådgivning. DFIR vil typisk inddrage flere typer data og analyser for at få kvalificeret viden forud for rådgivning om et område.
2) Helhedsorienteret
DFIR rådgiver om rammebetingelserne for dansk forskning og innovation. Sammenhæng i forståelsen af forskning og innovation skal styrkes. Derfor behandler rådet alle emner i et helhedsperspektiv, hvor det er de samlede værdikæder, der har rådets opmærksomhed. Det er ikke isolerede nedslag i forsknings- og innovationslandskabet. Rådet inddrager både en forsknings- og innovationspolitisk vinkel i sit arbejde.
3) Internationalt perspektiv
DFIR har en særlig forpligtelse til at vurdere udfordringer, behov og positionering af dansk forskning og innovation i en international kontekst. Det fremgår af lov om forskningsrådgivning, der regulerer DFIR. Kvaliteten af dansk forskning og innovation defineres og påvirkes af international udvikling. Rammebetingelser for forskning og innovation er i stigende grad internationale, og et snævert nationalt perspektiv på problemstillinger vil være begrænsende. En international tilgang er derfor et grundlæggende princip i alle aspekter af DFIR's arbejde.