En række mulige udfordringer trænger sig på. Her skal blot nævnes tre udviklingstendenser, der peger på flere fremtidige udfordringer.
For det første foregår en stadigt stigende andel af dansk forskning i den private sektor, der ofte kan tilbyde bedre arbejdsvilkår end universiteterne. Universiteterne skal derfor udveksle viden og kompetencer med private virksomheder og samtidig konkurrere om de samme forskere. Det øger også kravet om, at universiteterne forbedrer mulighederne for sektormobilitet og tværfaglighed, der, som DFiR tidligere har peget på, er en væsentlig udfordring for universiteterne.
For det andet er investeringerne i forskning, udvikling og innovation tilsvarende steget markant i udlandet og vil fortsat stige i fremtiden. Det udfordrer Danmarks position i det internationale vidensamfund, men universiteterne kan gennem de internationale forskningsnetværk tiltrække international viden, kompetencer og talent i samarbejdet med danske virksomheder.
For det tredje står Europa over for faldende ungdomsårgange og en stadigt hastigere arbejdsmarkedsudvikling alt imens nye digitale uddannelsesmuligheder bliver introduceret. Det udfordrer universiteternes uddannelsesform og -struktur og kalder på øget samarbejde og koordinering mellem universiteter og andre uddannelsesinstitutioner.